南宗源于洙泗。北宋末年，金主问鼎中原。靖康二年（1127年）四月，金军攻陷东京，掳徽、钦宗二帝，北宋灭亡。同年五月，赵构称帝应天，改元建炎。

    建炎二年（1128年）秋，南宗高宗于扬州行宫郊祀，孔子第48代宗子、衍圣公孔端友及其叔父孔传等奉诏侍祀。其时，金主复兵分三路南侵。建炎三年（1129年）春，东路金兵攻掠山东，锋芒直指徐州、扬州，高宗君臣仓皇南幸，孔端友偕从父孔传奉“孔子及亓官夫人楷木像”，率近支族人“扈驾南渡”，辗转避难于衢州。

    金兵北撤后，高宗驻跸临安（今杭州），孔端友即率部分族人诣阙上疏，叙述家门旧典及离祖丧家之苦，请求赐家安居。高宗念其报国之情，赐家衢州。其后，与南宗政权对峙的金政权，太宗时权封孔端友留北之弟孔端操为衍圣公，主曲阜祀事；至熙宗时始由孔口正式袭封。由此可见，孔子南北分宗系自宋金对峙开始；然正式使用“南宗”、“北宗”名分，理据考证，是在明万历四十三年（1615年）孔贞运承袭五经博士时。

    孔子第48世宗子、衍圣公孔端友是孔氏南宗的鼻祖。终南宋一代，49世孔?、50世孔口、51世孔文远、52世孔万春、53世孔洙等五世宗子，先后袭封衍圣公。随孔端友南行的族人，除从父孔传外，有胞弟端朝，还有孔传的次子端己、四子端植、五子端隐，季叔孔若愚的长子端弼，以及孔端思等堂兄弟。

    南宗王朝重用孔氏南渡诸贤。孔传，曾知?州，以功进秩右谏议大夫、领兵部尚书，后改知抚州军州事，兼管内劝农使；历中散大夫，晋封仙源县开国男。此外，端植为湖广通城令，端隐为江陵府推官，端弼为大理寺评事，端恩为杭州府教授。

    靖康之变，曲阜中衰，而南渡族属因宋室南迁而形成南宗，并在南宗王朝的扶持下蔚为大宗。嗣后，他们诗书相承、贤才辈出，宦游于东南诸省。遂以衢州为中心，先后在浙、闽、苏、皖、赣、鄂等省，分徙出众多支脉，世世代代在江南生息、发展。

    阙里孔氏支脉，分太子中舍、国子博士、中散大夫、侍郎、袭封五支，以其祖之爵位而为支别。南渡后，江南主要为袭封支即孔端友之后，中散支即孔传之后。

    衢州境内，城区有庙前、乌桥、南门、河下、闹桥等支；城区外，衢县、龙游、江山、常山、开化均有支派。其中，以衢县为最，遍布沟溪、廿里、白水、莲花、高家、航埠、后溪、峡川、长柱、石梁、河东、上宇、大洲、下村、华墅、杜泽、大川、外黄、樟潭等乡镇，今已有族众千余。

    衢州境外，计有：鄂州支：第48世孔端植，官湖广通城令，寓此。

    句容支：第48世孔端隐，为江陵府观察推官，寓句容福祚乡。

    永康支：第48世孔端弼，官大理寺评事，后退隐婺州永康榉川。

    徽州支：第48世孔端朝之后，衢迁此。

    兴国支：第49世孔溶，知兴国军州事，见城南30里有孔子岭，遂家焉。第53世孔润

    ，官湖广儒学提举，附籍于此，与第49世孔溶异派。

    镇江支：第49世孔口，赐官迪功郎，秩满寓此。

    新城支：第49世孔口，自句容徙江西新城。

    吴兴支：第49世孔瓒，官和州知州，寓此。

    高田支：第48世孔彦，南渡后流寓温州；至50世孔烨，徙秀州崇德清风高田村。

    长水支：第54世孔梁，自衢徙此。

    唐桥支：第54世孔思构，任吴江州判，入赘五都盛氏，家焉。

    南浔支：第55世孔克安，恩授白水书院山长、浏阳州教授，湖北宪司书吏。卒葬湖州南浔镇，子希雯、希廉庐墓寓此。

    湖州支：第55世孔克仁，明太祖为吴王时，以博士常侍左右，历官浙东按察使、翰林院学士，秩满寓此。

    长洲支：第55世孔克信，任泗水教谕，游学江南，寓此。

    大理支：第56世孔希政，因案遣戍云南大理，遂家焉。

    桐城支：第56世孔颐静，自高田徙此。

    青河支：第56世孔希口，自高田徙此。

    应天支：第56世孔希知，明永乐间仕宗人宗人府经历，卒于官，葬句容福祚乡爪窝地，诸子庐墓寓此，与第48世句容支异派。

    蒋桥支：第57世孔孟贤，自高田徙此。

    震泽支：第58世孔公镛，自唐桥徙此。

    青镇支：第58世孔公?，自吴兴徙此。

    长兴支：第59世孔彦起，自高田徙此。

    柞溪支：第59世孔彦显，入赘柞溪沈氏，遂家焉。

    海宁支：第62世孔忆洋，自青镇徙此。

    董桥支：第62世孔见闻，自高田徙此。

    苏州支：第67世孔毓琛，自青镇行医至此定居。

    杭州支：第66世孔兴口，以主太和书院祀事，卒于杭，葬万松岭方家峪。嗣后，世有支派寓杭，住候潮门内。     

    注：“口”为打不出的字。