截止2004年8月，衢州市档案馆馆藏204个单位档案，计各类档案总数为133388卷。市档案馆馆藏档案分民国历史档案、1949-1985年衢州市(衢县)及衢州专署档案和1985年衢州升为地级市后档案三部分。

一、民国历史档案：现有民国档案共2个单位，即浙江省立衢州中学(现为衢一中)和浙江省立衢州师范(现为衢州师范)，共231卷，形成时间为1922年至1949年。其中，就有著名武侠小说作家金庸在浙江省立衢州中学就读时的学籍档案。

二、1949-1985年衢州市(衢县)及衢州专署档案：这部分档案分为二块：一块是1985年以前衢县和衢州市(县级)各党政机关、群众团体、部分企事业单位和个人的档案；一块是1949年至1955年衢州地委、专署、法院、检察署等机构形成的档案。两块共计83个单位，26082卷档案。这部分档案比较全面地反映了衢州解放以来各个历史时期、各个领域的基本历史面貌，是利用率比较高的档案。

三、1985年衢州升为地级市后形成的档案：这部分共121个单位，107075卷档案，比较完整地记载了1985年衢州建立大市以后各党政机关、企事业单位的档案，其中破产及改制企事业单位的档案占了绝大部分。